1、根治性手术 年龄接近绝经期、病情重、有过复发情况的患者，应实行全子宫及双侧附件切除。手术时尽可能避免卵巢内膜囊肿破裂。囊液流出时应尽快吸尽，冲洗，术后出现更年期综合症者用药要严格遵循医嘱。 2、半根治手术 主要用于无生育要求，病灶严重，而年龄较轻者，可行子宫和病灶全切，但尽可能保留一侧正常的卵巢组织，以避免绝经期症状过早出现。 3、保守性手术 主要用于年轻、有生育要求者。保留子宫及附件（尽量保留双侧），只是切除病灶，分离粘连，重建卵巢，修复组织。主要有腹腔镜手术、B超下行卵巢内膜样囊肿穿刺术和剖腹保守性手术。此外，腹壁、会阴切口处发生子宫内膜异位症者，应彻底切除，否则会复发。
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